В устье реки Риони находится крупнейший в восточной части Чёрного моря порт, носящий одноимённое название с городом к которому он относится. Это порт Поти. Вот только построен он в девятнадцатом веке, а сам город ещё во времена античности, но как Поти известен с седьмого века. В вашем же дополнении к вопросу указан век шестнадцатый. Может быть я даю не верный ответ, но мой вариант ответа - Поти.
По имени этой реки назван горный массив в Средней Азии - Заилийский Алатау, со склонов которого начинает свой бег одна из рек Семиречья с коротким именем Или, которая впадает в озеро Балхаш. Ответ - река Или.
Современная диканька- это поселок городского типа, который находится около Полтавы. А Гоголь воспел село Диканько, которое назвал заколдованным местом из-за того, что оно находится среди дремучих лесов. А река близ Диканьки- это Днепр, 5 букв.
В связи с пояснением к вопросу сканворда о "крокодиловой" реке, сразу вспоминается сказка К.И.Чуковского про доброго доктора Айболита. Вот там упоминается река Лимпопо, в которой было много крокодилов.
На некоторых реках часто бывает пространство, глубоко врезавшееся в берег, причем значительных размеров. На крупных реках это пространство используется для стоянки, зимовки и ремонта судов. Вода в здесь стоячая. На малых речушках в таких местах водится рыба, как правило карась. Рискну предположить, что такой залив из 5 букв носит название затон.