1) нужно подать заявление по форме 26001 (его можно найти в Консультанте и распечатать), подать его можно через МФЦ;
2) уплатить госпошлину = 160 руб.;
3) взять справку из пенсионного фонда об отсутствии задолженности по обязательным платежам. Вот тут у вас может возникнуть проблема, если вы ничего не платили, справку вам не дадут, а без этой справки ИП не закрыть.
Этот комплект документов сдается в МФЦ.
Если вы обратитесь в налоговый орган с вопросом, как мне закрыться, инспекция может потребовать от вас обходной лист, то есть, нужно обойти несколько кабинетов и собрать подписи, что вы ничего не должны, в том числе от вас могут потребовать сдать отчетность за предыдущие годы. Ни в коем случае этого не делайте, Налоговым кодексом предусмотрена ответственность за несвоевременно представленные декларации (а они, по сути у вас все будут не своевременные) в размере 1000 руб. за каждую. Таким образом вы нарветесь на штраф в несколько тысяч. Вам это не нужно.
Подозреваю, что у вас еще и по пенсионке большой долг, вы же пишете, что ничего не платили. Уплата страховых взносов, к сожалению, не зависит от того, ведете вы предпринимательскую деятельность или нет, вы обязаны платить взносы пока числитесь ИП. Многие по этой причине, когда перестают вести предпринимательскую деятельность, закрываю ИП, чтоб пенсионку не платить.
Отсутствие у вас прописки по месту жительства не имеет значение, документы вы будете подавать в тот налоговый орган, в котором состоите на учете, то есть в СПб.