Внешнее покрытие: Рыбы — чешуя, которая обильно выделяет слизь. Земноводные — тонкая кожа, обильно выделяющая слизь.
Скелет: Рыбы — тяжёлый, не имеет конечностей, 2 отдела позвоночника, череп с позвоночником сочленён неподвижно, присутствуют рёбра. Земноводные — более лёгкий, есть конечности, 3 отдела позвоночника, череп соединён с позвоночником через один шейный позвонок, рёбер нет.
Мускулатура: Рыбы — поперечно-полосатые мышцы сегментного типа. Земноводные — сегментация мышц нарушена, очень мощные мышцы конечностей.
Пищеварительная система: Рыбы — через ротовую полость с зубами, пища попадает в глотку и пищевод, далее в желудок и тонкую кишку, в конечном итоге ЖКТ рыбы заканчивается клоакой. Земноводные — через ротовую полость с зубами и языком, пища попадает в ротоглоточную полость, затем пищевод, после желудок, тонкую кишку, затем прямую, которая расширяется в клоаку.
Кровеносная система: Рыбы — 2-х камерное сердце, 1 круг кровообращения. Земноводные — 3-х камерное сердце, 2 круга кровообращения.
Дыхательная система: Рыбы — дышат жабрами. Земноводные — дышат мешковатыми лёгкими.
Нервная система: Рыбы — есть передний, средний и задний мозг. Очень хорошо развит мозжечок. Земноводные — есть передний, средний и задний мозг. Развит в целом лучше, чем у рыб, за исключение мозжечка.
Размножение: Рыбы — внешнее оплодотворение в водной среде. Земноводные — внешнее оплодотворение в водной или околоводной среде.
