До 1878 года уровень воды в Неве измерялся лишь во время значительных её подъемов и замеры были только приблизительными, но именно тогда их стали проводить регулярно. Самое первое наводнение произошло через три месяца после закладки строительства города - в августе 1703 года, а первый серьёзный зафиксированный потоп произошёл в 1824-м . За 300 лет было более 300 различных наводнений (то есть почти с регулярностью раз в год).
В Кронштадте регулярные измерения уровня моря начаты с 1806 года. В настоящее время отсчет уровня в Санкт-Петербурге ведется от "нуля Кронштадтского футштока" (футшток - металлическая линейка для замера уровня воды). Причем ординар в истоке Невы возвышается над нулём Кронштадтского футштока (в устье) примерно на 5 метров.
Чаще всего наводнения происходят в период с сентября по декабрь, то есть осенью. Весной реже. Уменьшилось количество наводнений после строительства дамбы, так как основной "поставщик" наводнений в Питере - Финский залив. Воды Невы и её истока (Ладожского озера) менее склонны к перенасыщению грунтовыми водами и подъёмом уровня. Можно сказать, что наводнения практически прекратились, т.к. подъём воды стал совсем незначительный.
Если учитывать статистику общего подъёма уровня мирового океана (30 сантиметров за 100 лет) и отметку ординара у Горного института плюс подъём воды, считающийся катастрофическим для Питера, в 3 метра над ур.моря, то более или менее серьёзное наводнение/затопление в Санкт петербурге можно ожидать в период примерно от 2700 года до 3100 года. Поживём увидим?)