Как правильно уже сказали, во-первых, вода из разных источников. Во-вторых - протяжённость водопровода, при том, что в нём должно быть определённое давление - ещё один фактор. Качество воды - третья причина.
Источники. Скажу о своём регионе. Например, в Запорожье берут питьевую воду из Днепра. Там есть очистительные сооружения. То есть - источник воды и потребитель в одном и том же месте.
У нас же, на юге области, реки обмелели. Воду в нашем посёлке берут из скважин. Но если лето слишком засушливое, то своей воды не хватает. Поэтому берут Днепровскую воду из водопровода, который идёт аж на Бердянск - там с водой всегда были проблемы. Вот и получается, что вода в Запорожье дешевле, чем та, которую нужно транспортировать на 150-200, а то и 300 км.
Это же и обслуживание этих труб, всякие аварии тоже входит в себестоимость воды.
Далее, 2 пункт - протяжённость водопровода. Например, воду в большом городе доставить большому числу потребителей гораздо легче и быстрей. Например, микрорайон, несколько десятков, компактно расположенных домов - и вот уже воду получили несколько тысяч потребителей. У нас же в основном частный сектор и водопровод идёт к каждому потребителю отдельно - это десятки километров труб, сотни кранов и вентилей и т. п. И нужно же давление обеспечить, а значит, нужна круглосуточная работа насосов, чтобы подать воду на дальние расстояния.
Качество воды. В разных регионах страны разное качество воды. Поэтому более чистая природная вода будет дешевле, чем вода из реки, в которую все предприятия города сбрасывают отходы - это же всё очистить нужно.
Вот из этих факторов складывается себестоимость воды в разных регионах. Плюс поправка на аппетиты арендаторов водоканалов или городских чиновников.