Очень интересный вопрос!
То, что он так долго был без ответа, возможно, говорит о том, что на сайте «Большой Вопрос» мало пользователей с Дальнего Востока России.
Дело в том, что в вопросе сравниваются автомобили с разным расположением руля. Точнее, автомобиль Honda Civic выпускался с правым и левым рулем, а на Toyota ist руль всегда справа. Собственно, одного этого момента для жителей западной части России будет достаточно. Понятно, что они отдадут предпочтение Honda Civic, а не Toyota ist, у которого руль «растет» из бардачка. А вот у жителей Дальнего Востока менталитет другой. Соответственно, именно дальневосточники скорее свой выбор остановят на Toyota ist, ну хотя бы потому, что у модели во втором кузове клиренс (дорожный просвет) 17,5 мм, против 150 мм у Honda Civic.
Подытожим.
Для европейской части лучше Honda Civic.
Для дальневосточной части лучше Toyota ist.
Само собой разумеется, мое мнение не является истиной в последней инстанции, поэтому хотелось бы почитать ответы и других пользователей проекта «Большой Вопрос».