Ученый-энциклопедист, археолог, доктор филологических наук, действительный член Всесоюзного Географического общества, академик АН КазССР, профессор, заслуженный деятель науки КазССР, основатель казахстанской археологической школы, видный ученый во многих областях знаний: в этнографии, востоковедении, истории; литературоведении, искусствоведении.
Алькей Хаканович Маргулан родился в ауле на территории современного Баянаульского района Павлодарской области. Он — один из тех, кто в начале прошлого века отправился из казахских степей в Россию получать знания. А. Маргулан в 1925–1931 годах учился в Ленинградском Восточном институте. Одновременно учился на Восточном отделении факультета общественных наук Ленинградского государственного университета, вместе с этим был вольнослушателем лекций в институте истории искусств. В годы учебы он участвовал в исследовании обычаев, быта и искусства племен адай, найман в составе экспедиции по изучению истории народов Казахстана и Алтая, организованной Академией наук СССР. После окончания учебы А. Маргулан стал научным сотрудником Комитета по новому алфавиту при Народном комиссариате просвещения Казахстана.
Заинтересовавшись историей родного народа, начав исследовательские работы еще в период обучения в Ленинграде, А. Маргулан по возвращении на родину продолжил эту ответственную, требующую больших трудов и поисков, работу. С этой целью он проводит раскопки вдоль рек Южного Казахстана Сыр, Шу, Талас и на местах древних городов Отрар, Сауран, Сыгнак. На основе собранных материалов он написал монографию «Ежелгi Қазақстан қалалары мен құрылыс өнерінің тарихына» («К истории городов древнего Казахстана и искусства строительства»), защитил кандидатскую диссертацию на тему «Социально-историческое значение ханских указов». Это был крупный научный труд в исследовании истории древних кипчаков.
С 1936 по 1938 год А. Маргулан — научный сотрудник Института истории материальной культуры АН СССР. С 1939 по 1946 год — старший научный сотрудник, заведующий сектором Института истории КазФАН СССР. С 1946–1985 год — заведующий сектором, заведующий отделом, старший научный сотрудник Института истории, археологии и этнографии Академии наук Казахской ССР. А. Х. Маргулан, получивший теперь полную возможность непосредственно заниматься начатым исследовательским направлением, обратился к изучению Центрального Казахстана. Результаты многолетних исследований нашли отражение в книге «Орталық Қазақстанның ежелгi мәдениетi» («Древняя культура Центрального Казахстана»), написанной им в соавторстве с К. А. Акишевым, М. К. Кадырбаевым, А. М. Оразбаевым. Редакцию труда он возглавил сам. Эта книга была высоко оценена, а ее авторам присуждена премия АН Каз ССР имени Шокана Уалиханова.
Результатом его исследований в области истории культуры казахского народа явилась защита в 1945 году докторской диссертации на тему: «Эпические сказания казахского народа». Кроме этого объектом его исследований были памятники древней архитектуры, им были открыты уникальные археологические памятники эпохи бронзы и раннего железа — Бегазы, Сангуыр, Беласар и другие. Результаты археологических исследований территории Центрального Казахстана были обобщены в фундаментальных монографиях: «Древняя культура Центрального Казахстана», «Бегазы-дандыбаевская культура Центрального Казахстана», «История Казахской ССР с древнейших времен до наших дней» в пяти томах. За эту работу (в соавторстве) А. Маргулан в 1982 году был удостоен Государственной премии Казахской ССР.
Продолжая прежние исследования, он середины 1950-х годов занялся сбором литературного наследия выдающегося казахского ученого Шокана Уалиханова.
А. Х. Маргулан — редактор и составитель собрания его сочинений, автор многочисленных монографий о нем
А. Х. Маргулан организовал знаменитую Центрально-Казахстанскую археологическую экспедицию 1946—1974 годов. Ему принадлежат открытие и обоснование бегазы-дандыбаевской культуры эпохи поздней бронзы — крупнейшего очага цивилизации в Центральном Казахстане.
Он вложил огромный труд в исследование истории и литературы казахского народа. Из под его пера вышли десятки книг, связанных с историей, археологией, этнографией, литературой и искусством казахского народа. Им опубликовано более 300 научно-исследовательских и более 100 энциклопедических статей.
Имя Маргулана стоит в одном ряду с именами выдающихся археологов и этнографов мира. Ученый внес неоценимый вклад в развитие гуманитарной науки о Казахстане, изучении самобытной культуры и мировоззрения казахского народа.
Многолетний труд Алькея Маргулана в общественной жизни и науке был высоко оценен, он награжден орденами Ленина, Трудового Красного Знамени и несколькими медалями. Решением ЮНЕСКО 2004 год был объявлен годом Маргулана.
