Неочищенную луковицу в холодец добавляют тогда, когда хотят получить золотистый цвет бульона.
Поэтому ответ на данный вопрос и будет соответствовать пожеланиям каждой хозяйки индивидуально, соответственно её вкусам и вкусам членов семьи.
Лично я не кладу неочищенный лук в бульон. Просто потому, что люблю, чтобы холодец был светлым и прозрачным.
Кроме мяса, костей и т. п. в холодец кладу только соль, несколько целых, очищенных луковиц (за час до готовности, перед разбором холодца по судкам лук этот выбрасываю), он как раз осветляет бульон, перец горошком и лавровый лист.
И всё. Ни морковь, ни чеснок, ни другие специи.
Так у нас любят.