В русском языке существуют оба слова, но их значение не совпадает. Есть птица (очень редкая - занесена в "Красную книгу") семейства Ястребиные, которая называется змееЯдом (есть старинное слово яство, от ясти - есть). Другие названия этой птицы - обыкновенный змееяд, она же - орёл-змееяд, она же - крачун.
Это крупная птица - размах крыльев может достигать почти двух метров. Ей посвящены почтовые марки Казахстана и Азербайджана, где эта птица также обитает.
Эту птицу можно назвать также змееедом - но не как ее зоологическое название, а как животное, которое поедает птиц (как правильно заметил Денис). Такие животные известны; их организм невосприимчив к яду. Едят змей ежи, а также ласки, куницы, хорьки и лисицы. Общеизвестно, что со змеями замечательно справляются мангусты, о чем писал Р.Киплинг:
Кроме змееяда, есть и другие птицы, которые едят змей: это орел-змеятник, некоторые виды ястребов, грифы, аисты, вороны и африканская птица секретарь. Их тоже можно назвать змееедами (но не змееядами!).