Имя существительное троечник образовано от прилагательного троечный, которое образовалось от существительного тройка.
Давайте обратим внимание на основу существительного тройк/а (она отделена от окончания знаком /).
Основа его оканчивается на согласный к, за которым при образовании новых слов троечный, троечник следует суффикс н
или начинающийся с согласного н суффикс (-ник).
В таких словах, образованных от основ на к, перед суффиксами, начинающимися с согласного н, происходит чередование согласных к-ч, как, например, в словах: палатка – палаточный, платок – платочный, порядок – порядочный, клетка - клеточный и т. п.
Такое же чередование наблюдается, когда производящие основы оканчиваются на согласные Ч, Ц, например: скворец - скворечник, перец - перечница, огурец - огуречный, тысяча - тысячный, свеча - подсвечник, дача - дачный.
Такая же схема образования существительных пятерочник и двоечник Написание слов пятерочный и двоечный через Ч объясняется тем, что эти слова восходят к существительным пятерка и двойка, основы которых оканчиваются на согласный к и перед суффиксами, начинающимися с согласного Н, пишется буква Ч.