Бело-сине-красный флаг России появился лишь накануне коронации Николая II в 1896 году. До этого в Российской империи государственным флагом был черно-желто-белый флаг (с которым сейчас можно иногда увидеть монархистов).
Впервые бело-сине-красные цвета появились в 1668 году на гербовом знамени царя Алексея Михайловича и был создан первый бело-сине-красный военно-морской флаг. Под такими цветами был спущен на воду русский военный корабль "Орёл" (корабли тогда в заморских плаваниях должны были иметь отличительные флаги для определения государственной принадлежности). Как чередовались цвета этого флага - точно не известно. Из гравюры А.Шхонебека "Взятие Азова" (1700) можно предположить такое расположение цветов:
Также на гравюре можно заметить 9-полосный флаг, где чередуются бело-сине-красные цвета.
Петр I на флоте оставил цвета, которые достались ему от отца, но четко определил их последовательность. Эти цвета стали использоваться на торговых, коммерческих и прочих судах России.
Красный цвет означал державность, синий – цвет Богоматери - покровительницы России, белый – цвет свободы и независимости.
Для современного флага России нет официального толкования, какой цвет что символизирует. Поэтому можно фантазировать (в разумных пределах :)).
P.S. *Слово "флаг" появилось в русском языке из голландского языка. Цвета полос флагов России и Голландии также совпадают. Но заимствования не было, так как изначально у голландцев была оранжевая полоса. Поскольку на море ткань оранжевого цвета быстро выгорала и смотрелась, как белая, её заменили красной*.