Предполагаю, что муха туда не залетала, а вот попавшая с пылью и грязью, или при прочих обстоятельствах личинка мухи вполне могла.
Помню, еще в школе меня интересовал вопрос - откуда берутся мухи внутри рам? Учитель биологии объясняла это тем, что ища подходящее место для зимнего анабиоза или спячки, мухи заползают в рамы. Видимо там комфортные для них условия - сухо и тепло.
А вот насчет стеклопакета уже сложнее. Ранее написавший автор, указал, что должен быть выкачен воздух. Так вот, это не обязательно. Функция стеклопакета - удерживать тепло при этом пропуская свет, - технологий множество. Что бы окна не запотевали и было сухо, некоторые кладут силикагель и заливают герметик.
В любом случае, если ваше "окно с мухами" еще на гарантии, то лучше обратится с жалобой для замены. Если окно уже отслужило какое-то время, то вероятно в окне образовалась микротрещина, через которую будущая муха и попала внутрь стеклопакета.