Давайте разберёмся, какое написание правильное, а какое ошибочное.
Кудахч(?)т. Перед нами глагол кудахтать в одной из своих личных форм – форме лица 3-го, числа множественного, времени настоящего. От чего зависит выбор безударной гласной а или у в его личном окончании? Только от типа спряжения.
При безударных личных окончаниях тип спряжения глагола определяется по концовке его инфинитива – неопределённой формы. Причём в указанной форме глаголы 1-го типа спряжения имеют окончания -ут (-ют), а глаголы 2-го спряжения – -ат (-ят).
Кудахтать. Инфинитив, как видим, оканчивается на -ать, в число исключений (гнать, держать, дышать, слышать и их производные) сей глагол не входит, к разноспрягаемым (на -ать – бежать и его производные) не относится, следовательно, дело мы имеем с глаголом 1-го спряжения. Это и определяет наш выбор гласной в личном окончании формы кудахч(?)т. Пишем гласную у: кудахчут.
Отметим: при изменении глагола кудахтать по лицам в настоящем времени в корне происходит чередование т//ч. Такое же чередование характерно и для некоторых других глаголов, оканчивающихся на -тать, например (приведу, помимо инфинитива, только интересующую нас форму):
- бормотать – бормочут;
- лепетать – лепечут;
- метать – мечут;
- хлопотать –хлопочут;
- хохотать – хохочут;
- шептать – шепчут;
- щебетать – щебечут.
В формах бормочут, лепечут, мечут, хлопочут, хохочут, шепчут, щебечут, а также в форме кудахчут буква ю в окончании исключается – с 1-го класса помним: чу – щу пишутся с буковкой у.
Но добавлю: кудахтать – один из тех глаголов, которые имеют избыточные формы – избыточную парадигму спряжения.
Основная парадигма спряжения, к которой относится и форма кудахчут (кудахчу, кудахчешь, кудахчет, кудахчем, кудахчете, кудахчут – с чередованием т//ч), является литературной нормой.
Избыточная парадигма, где чередование не происходит (кудахтаю, кудахтаешь, кудахтает, кудахтаем, кудахтаете, кудахтают), нормой литературной не является: Большой толковый словарь (гл. редактор – С. А. Кузнецов) относит её к разговорным, а четырёхтомный словарь РАН, который издан под редакцией А. П. Евгеньевой, – к просторечным.
Формы избыточной парадигмы спряжения, наряду с нормированными формами довольно широко используются в литературе, в том числе и в художественной.
Таким образом, у глагола кудахтать есть варианты форм настоящего времени, включая и форму 3-го лица множественного числа:
- кудахчут – общеупотребительная форма, являющаяся литературной нормой;
- кудахтают – форма, допустимая в разговорной речи и нередко используемая в художественной литературе.