Спасибо за интересный вопрос.
Первый раз увидел такое сокращение, заинтересовался.
Поиски привели к тому, что "мхм" - это однозначно согласие типа "угу" или "да".
Кто это придумал - неизвестно.
Вот тут подробно расписано, почему "мхм" - это "угу".
Вкратце - если это "мхм" произнести не открывая рта - получается что-то напоминающее "угу" или "ага". Но зачем?!
Как по мне, так людям просто делать нечего, вот и выдумывают всякую ерунду.
Ладно бы ещё для краткости, но набрать "угу" ничуть не дольше, чем это дурацкое "мхм".
В великом и могучем русском языке вполне достаточно слов для выражения чего угодно, нет никакой нужды выдумывать новые, никому не понятные синонимы.