Отделом можно назвать во всех случаях, так как это общее наименование, но это не всегда корректно. Если взять, например, транспорт, то для него как и для многих объектов применимы виды деятельности: разработка, испытания, производство, поставки, маркетинг, перевозки, ремонт, обслуживание, а также его применение в логистике (когда, откуда и куда и каким видом). Понятно, что отдел не может всем сразу этим заниматься, да и предприятие вряд ли такое найдётся.
Транспортный отдел не о чём не говорит, а чем он у вас занимается? Отдел испытаний транспортных средств, ... или ещё что-то.
Если занимается услугами в области маркетинга потребителей разного рода транспорта, перевозок транспортных средств от их производителей для торговой сети, перевозок определённых товаров на транспортных средствах, ремонта и обслуживания транспортных средств по заявкам, то вполне такой отдел можно назвать транспортной службой.
Также иногда на предприятиях создают службу без выделения в подразделение, то есть из сотрудников предприятия как доп обязанность для них, например, контрактную службу, - работает, если к ней обратятся по необходимости закупки.
Транспортный отдел - транспортная служба. - и то и другое может быть в природе;
Контрактный отдел - контрактная служба. - и то и другое может быть;
Отдел кадров - служба персонала. (служба персонала приемлема для города, когда житель может обратиться туда как к услуге при поиске работы, а для предприятия - отдел кадров).
Также служба может быть и как отдельное юридическое лицо, оказывающее услуги для города, региона и страны в целом. Например, службы есть в составе министерств РФ.