Слитное (или раздельное) написание слова "нестыковка" относится к реализации правила "НЕ с именами существительными".
Совершенно ясно, что в языке есть слова "нестыковка" и "стыковка".
Первое слово ("нестыковка") не может быть написанным с "не" раздельно, поскольку: а) превратится в слово "стыковка"; б) приставки от слов не отделяются просто так - состав смыслообразующих морфем является в слове постоянным. Представьте себе, что машинист вдруг отделил на каком-нибудь полустанке один из вагонов от поезда. Решил, что вагон запросто поедет вместе с поездом, но на расстоянии от основного состава. Очевидно, что вагон не поедет, а машиниста признают непригодным к профессии. Точно так же и с приставками.
Второе слово ("стыковка") не имеет право быть написанным с "не" слитно, так как превратится в этом случае в "нестыковку". И что же тогда получится? Хотели написать о стыковке, а написали о нестыковке. Смысл исказится настолько, что текст может стать неузнаваемым.
_
Итак, стыковка различных частей слова - это крайне ответственное дело. Пишущий - это своего рода машинист, который управляет огромным составом.
Как же различить в предложениях слова "нестыковка" и "стыковка"?
Не стыковка.
Взгляните на всё предложение. Если вы увидите в нём противопоставление слова "стыковка" с каким-то другим словом, но "не" пишется раздельно. Чаще всего, такие противопоставления оформлены с помощью союза "А". Представьте образно, что "А" - это центральная точка качелей. На ней "качаются" "стыковка" и другое слово. Мы это наглядно показали на изображении ниже.
Противопоставление может и просто подразумеваться. Его нет, но оно чувствуется.
Например.
- "Не стыковка, а её подобие", "Не стыковка, а сплошная ошибка", "Не стыковка, а настоящая неудача".
Нестыковка.
А если противопоставлений нет, и слово "нестыковка" выступает в значении "рассогласование" или "неувязка", то нужно избрать слитное написание. "Не" не будет логически выделяться, как это происходит с отрицательными частицами.
Например.
- "Даже малая бухгалтерская нестыковка может обернуться в итоге значительной ошибкой".