К сожалению, ни один, из приведённых Вами вариантов, не является правильным. Иссиня-чёрный и никак иначе. Другие варианты невозможны.
Хорошо, что хоть дефис под сомнение не поставили. И правильно, потому что на этот счёт есть правило о написании прилагательных, обозначающих оттенки качества, которое распространяется и на тот случай, если первая часть - наречие. Изжелта-коричневый. Кстати, есть исключение из правил, относящееся только к такому словосочетанию: чёрнобурая лисица. Во всех остальных случаях чёрно-бурая пишется через дефис.
Оно образовано из прилагательного "синий" путём приставки ИС, а именно такой, так как последующая за ней буква "С" - обозначает глухой звук. Буква "я" в конце наречия объясняется тем, что это прилагательное относится к мягкому типу склонения.
Буква "Ё" в слове "чёрный" появилась вследствие того, что существует слово "чернеть", являющее однокоренным. А именно об этом там говорит правило относительно правописания О и Ё после шипящих.
Вот и разрешились все сомнения.