Да, это самое "Ага", приходилось слышать, и не раз, и самой при этом отвечать так же, но больше всего это слово применяется в детстве, или по отношению к детям. Вот, что мне довелось вспомнить:
"Ага, что ни слово, то ни туда"
"Ага, съешь пирога".
"Не агакай, а то все агакалки закончатся".
"Не агакай, а то доагакаешься".
"Не ага, а угу".
"Ага, конечно - попу яешня" (имеется в виду шутка, означающая "священнику яичница").
"Ага, конечно - разогналась".
"Ага, конечно - в самую точку".
"Ага, костяная нога".