Правильно: скорлупа, но лучше не запоминать написание этого слова, а обратиться к его истории.
Слово имеет о.-с. основу skorupa и и.-е. корень (s)ker - резать, разделять. И здесь у него много родственных слов: короткий, куртка, кора, корнать, шкура, скорняк.
Кроме того, появление звука Л связано с влиянием глаголов "лупить, лущить", от lubъ (о.-с.) кора, луб. А здесь свое семейство родственных слов: лоб (от лобъ - череп, черепная коробка), палуба и даже либретто (книжечка, от лат. liber - книга, от луб/лыко).
Вот такие родственные связи у слова "скорлупа", да еще по двум линиям.