Окончание - словоизменительная морфема. Чтобы выделить окончание в слове ходит, изменим его форму:
ты ходишь, они ходят, вы ходите, мы ходим.
Очевидно, что не меняется часть ход-, которую назовем корнем, как и в составе родственных слов:
ходок, уходить, приходить, отходить, переходить.
Значит, оставшаяся морфема, которая меняется в формах слова, является окончанием. Но окончание безударное, какое выбрать, -ит или -ет?
Обратимся к инфинитиву "ходить", в конце которого пишется -ить. Значит, отнесем его к глаголам второго спряжения. А это значит, что выберу окончание -ит.
Запишу состав слова "ходит" в виде схемы:
ход-ит - корень/окончание.